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I found this: http://www.etymologie.info/~e/l_/lu-gr.html
Der Name des Ortes "Schengen" (im GroΓherzogtum Luxemburg (Kanton Remich), der Namensgeberin fΓΌr das "Schengener Abkommen", engl. "Schengen Treaty", "Schengen Agreement", 1985) soll keltischen Ursprungs sein und auf kelt. "scen" = dt. "Schilfwasser" zurΓΌck gehen. Im Jahr 877 erscheint der Name des Ortes erstmals als "Sceidingas".
In brief: It is considered to come from a Celtic word for "reed water".