Quarantine protocol when reaching small airports in Germany from main airports

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As you found in the comments, Dublin is currently a Risikogebiet ("risk area").

In principle this means you have to quarantine on arrival, but the regulations for arrivals from simple risk areas are quite relaxed. Provided you haven't been in a high incidence area or a virus variant area, a negative test is enough to immediately free you from the quarantine requirement. See the third bullet point under 'Absonderungspflicht':

Die häusliche Quarantäne kann vorzeitig beendet werden, wenn ein Genesenennachweis, ein Impfnachweis oder ein negativer Testnachweis über das Einreiseportal der Bundesrepublik unter https://www.einreiseanmeldung.de übermittelt wird. Nach Voraufenthalt in Hochinzidenzgebieten kann eine Testung frühestens fünf Tage nach Einreise vorgenommen werden. Nach Aufenthalt in Virusvariantengebieten dauert die Quarantäne 14 Tage und eine vorzeitige Beendigung der Quarantäne ist nicht möglich.

The home quarantine can be ended early if a certificate of recovery, vaccination passport, or negative test certificate is submitted via the Arrival Portal of the Federal Republic of Germany at https://www.einreiseanmeldung.de. After stays in a high incidence area the test can only be taken five days after arrival. After stays in a virus variant area the quarantine lasts for 14 days and cannot be shortened.

The negative test can even be submitted before arrival, in which case you won't have to worry about the quarantine at all:

Wer kann sich freitesten?
Nach Voraufenthalt in einem einfachen Risikogebiet kann die häusliche Quarantäne vorzeitig beendet werden, wenn ein negativer Testnachweis über das Einreiseportal der Bundesrepublik unter https://einreiseanmeldung.de übermittelt wird. Die Quarantäne kann dann ab dem Zeitpunkt der Übermittlung beendet werden. Wird der Nachweis bereits vor Einreise übermittelt, so ist keine Quarantäne erforderlich.
Nach Voraufenthalt in Hochinzidenzgebieten kann eine Testung frühestens fünf Tage nach Einreise vorgenommen werden. Nach Aufenthalt in Virusvariantengebieten dauert die Quarantäne 14 Tage und eine vorzeitige Beendigung der Quarantäne ist nicht möglich.

Who can test out of quarantine
After stays in a simple risk area the home quarantine can be ended early if a negative test certificate is submitted to the arrival portal at https://einreiseanmeldung.de. The quarantine can then be ended from the time of submission. If the certificate is already submitted before arrival, no quarantine is required.
After stays in a high incidence area the test can be performed no earlier than five days after arrival. After stays in a virus variant area the quarantine is 14 days long and there is no possibility to end the quarantine early.

(Both English translations are my own. For some context: I'm not a native German speaker but I've lived here since 2010 and it's been my everyday language at work for over 5 years now)

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